學科建設是高等院校實現人才培養、科學研究、社會服務、文化傳承和引領四大功能的基礎，是推動高等院校建設發展的首要因素。首都醫科大學以建設高水平研究型醫科大學為戰略發展目標定位，堅持“發揚優勢、突出重點、培植特色、保障基礎、加強應用”的學科建設方針，抓住一切機遇，努力建設高峰與高原學科，全面推進“一流大學”和“一流學科”的建設。
學校學科力量雄厚。是國家首批博士、碩士學位授權單位，現有8個一級學科博士學位授權點和11個一級學科碩士學位授權點；3個博士專業學位授權點和9個碩士專業學位授權點。已建立了臨床醫學、口腔醫學、生物學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、生物醫學工程、護理學和中西醫結合等9個博士后科研流動站。依托學校的優勢學科，建立了多層次的高水平學科平臺，目前學校有10個國家重點學科（含培育學科），60個國家臨床重點專科(含中醫)，14個國家中醫藥管理局重點（培育）學科； 6個國家臨床醫學研究中心,1個國家兒童醫學中心, 1個國家工程技術研究中心，1個國家工程實驗室,1個省部共建國家重點實驗室培育基地，4個教育部重點實驗室，4個教育部工程研究中心，54個北京市重點實驗室,10個北京市工程技術研究中心，1個北京實驗室，1個北京人腦保護高精尖中心。
在《首都醫科大學發展戰略規劃（2004—2020年）》的指導下，學校確立了“十三五”學科建設發展規劃，通過學科建設的跨越式發展和高峰與高原學科的建設，不斷提升學科水平和影響力，推動學科研究成果的開發與應用，全面提高學校學科對社會的服務能力和水平，向世界一流學科邁進。
