2002年，外科學（神外）國家教育部評為國家重點學科，2004年成為國家繼續醫學（神經外科）教育基地。該學科依托首都醫科大學神經外科學院進行建設。
神經外科學院是世界衛生組織（WHO）在中國神經外科培訓中心，為亞洲規模最大的神經外科臨床、科研和教學基地，與加拿大蒙特利爾醫學院、德國洪堡大學醫學院、美國德州大學醫學院（Medical School at Houston, University of TX ）、約翰霍普金斯大學醫院（ Johns Hopkins University Hospital ）聯合培養研究生，合作開展腦血管病及腦膠質瘤的基礎研究。神經外科學院是中華醫學會和中國醫師學會神經外科分會前主委、世界神經外科聯盟（WFNS）執委單位，擔任World Neurosurgery（美）、Neurosurgical Review和J. of Clinical Neurosurgery 等國際雜志編委。
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| 中國工程院院士、神經外科學院院長王忠誠獲得2008年度國家最高科技獎，國家主席胡錦濤與其親切握手表示祝賀 | 研究成果獲國家科技進步獎 |
學科現有醫師359人，其中國家級有突出貢獻專家3名，教授94人，副教授114人，有博士學位者231人。博士生導師23人，碩士生導師36人，博士后流動站3個。近五年期間新增博士生導師16人，碩士生導師24人，累計招收碩士研究生187人，博士研究生99人，博士后12人。
學科承擔著學校五年、七年制、口腔學院的日常教學工作。主編出版衛生部研究生規劃教材、全國高等學校《神經外科學》教材及其配套實習手冊，擔任人民衛生出版社5年、7年、8年制全國高等學校和衛生部規劃教材《外科學》和高等教育出版社《外科學》神經外科學分編負責人。
主要研究方向為腦血管病臨床治療和基礎研究；神經系統腫瘤的基礎與臨床研究；功能神經外科的基礎與臨床研究；血管內介入治療研究；微創神經外科技術的研究、開發和推廣應用；中樞神經系統損傷代償修復的機制和促進修復方法的研究；腦血管病的防治研究；重要神經系統疾病的病因學及人群防止措施的研究等。學院在國內率先建立微創神經外科技術平臺、在微創技術、腦血管和顱腦腫瘤的外科治療達到國際先進水平，部分技術處于國際領先。開設顱腦損傷、腫瘤、腦血管病，脊髓脊柱，神經功能和小兒神經外科等專業組。圓滿完成奧運的醫療保障和國內重大突發事件的醫療救治工作。依靠神經外科學院科學優勢，集神經內、外科，神經放射和神經科學等學科建立腦血管病中心和腦卒中綠色通道，以轉化醫學理念，形成臨床-教學-科研一體化模式。
學科自承擔國家腦血管科技攻關（支撐）和北京市腦血管病防治重大項目，在全國和北京市建立腦血管病外科治療平臺和防治網絡。目前承擔國家重大支撐項目有“腦卒中外科綜合治療技術體系研究”，“蛛網膜下腔出血與腦動脈瘤診斷與治療的規范”和“腦、脊髓動靜脈畸形多種微創治療技術及預后因素分析”，國家自然基金委重點項目“功能磁共振成像和神經導航的微創神經外科學研究”和973項目“認知基本單元的實驗范式和心理病理學結合”重大科研項目。
2008年王忠誠院士獲得國家最高科學技術獎，2005年“腦血管畸形的外科治療及其形成和破裂出血的機制研究”和2009年“顱腦手術中腦認知功能保護的微創神經外科學基礎研究與臨床應用”獲國家科技進步二等獎，同年“出血性腦卒中規范化外科技術推廣及機制和臨床預測研究”獲教育部科技進步二等獎，申請專利4 項獎。曾在美國 AANS 大會“Surgical Management of Hypertensive Intracerebral Hemorrhage in 2464 cases”獲國際論文獎。
學科將繼續堅持以科學發展觀為指導，堅持學科發展為基礎的理念，堅持教研并重的基本原則，遵循學科發展的基本規律，注重經濟社會的主要需求，以人才隊伍建設為核心，以開拓創新為動力，堅持實事求是和勇于發展的精神，抓住機遇，爭取資源，不懈努力，奠定轉化醫學的發展基礎，推進神經外科學科水平的整體提高，為學科發展新一輪沖擊做好儲備。
