中西醫結合基礎學科于2009年獲批國家中醫藥管理局重點學科。中西醫結合基礎學科依托于首都醫科大學中西醫結合學系，在學科帶頭人王寶恩，張淑文等老一輩中西醫結合專家的帶領下，在賈繼東教授領導下對中西醫結合進行了深入基礎研究，培養了大批高質量人才。
2011年，本學科在北京市中醫管理局支持下，成立了中西醫結合研究所，通過明確研究方向、加強人才培養、促進學術交流和四個平臺建設來促進中西醫結合研究的發展。現在擁有2個國家中醫藥管理局三級實驗室（最高級），2個北京市重點實驗室，促進了中西醫結合基礎研究。2012年獲批成為自主設置博士點，新增為博士后流動站，為進一步培養高水平的中西醫結合人才奠定了基礎。
目前本學科有教授(或相當技術職務者)17人，副教授(或相當技術職務者)22人，講師33人，博士生導師15人，碩士生導師28人，擁有博士學位34人。
本學科的科學研究已凝練為三個突出的研究方向：1）抗肝纖維化有效中藥的作用靶位及優化處方研究；2）深部真菌感染中西醫結合治療基礎研究；3）MODS、重癥胰腺炎臟器微循環障礙發生機制及中藥干預基礎研究。
近年來，完成了一項國家科技部863項目、三項國家“十一五”重大科技專項課題和兩項“十二五”重大科技專項課題。其中對于多器官功能障礙綜合征（MODS）中西醫結合診治，降低病死率的研究，其研究成果分別獲得中國中西醫結合學會科學技術二等獎及北京科學技術三等獎。在抗肝纖維化的研究中，研究出有效復方中藥861阻斷與逆轉肝纖維化的部分細胞分子機制，并將該復方中藥成功轉讓給上海和博醫藥科技有限公司在國內上市，為廣大肝病患者帶來了福音。
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| 第二屆北京中西醫結合國際研討會召開 |
中西醫結合啟動會召開 |
近五年編寫相關教材5部，研究制作的針對西醫學生的中醫理論教課課件得到首都醫科大學校長基金資助并順利完成。近五年2名全國名老中醫師帶徒老師，培養學生15名。10名北京中醫125人才順利完成學業。12名高級西醫師正在參加國家西學中高級人才班培訓。 畢業博士生21人，畢業碩士生43人。近五年本學科新增中西醫結合病原生物學實驗室及中西醫結合細胞生物學實驗室2個國家中醫藥管理局三級實驗室。
本學科積極開展學術交流，與北京市中醫管理局共同舉辦兩屆北京市中西醫結合國際研討會，兩屆中西醫結合國際研討會提升了本學科在全國乃至全世界范圍內的學術影響力。在國內學術交流方面，本學科每年均開設4-6個關于中西醫結合治療重癥感染、中西醫結合兒科疾病新進展、中西醫結合治療抑郁癥新進展等國家級學術研討會。
本學科將充分利用“十三五”發展契機，充分體現自身特色，實現學科整體水平的提高和優勢研究方向高水平的學術發展。培養高水平的學科帶頭人和研究團隊，形成方向穩定、結構合理、整體實力雄厚、能支撐學科和學科點長遠發展的人才隊伍。立足前沿、全面創新。努力創建國內一流的高水平學科。實驗室能夠支撐國家重大課題的研究。基礎研究能代表國家中西醫結合防治領域的水平，達到博士學位授權學科和重點學科要求。
